Empowering personalized medicine through a complete molecular - PowerPoint PPT Presentation

Empowering ¡personalized ¡medicine ¡through ¡a ¡ complete ¡molecular ¡profiling ¡picture ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡

Profiling ¡Today ¡| ¡Today’s ¡molecular ¡profiling ¡is ¡ 2 ¡ slow ¡and ¡challenging ¡ ¡ Centralized, ¡Remote ¡Testing ¡Labs ¡ slow ¡the ¡turnaround ¡time ¡for ¡results. ¡ Samples ¡are ¡Limited ¡ and ¡are ¡spread ¡thin ¡by ¡multiple ¡tests ¡and ¡platforms. ¡ Poor ¡Integration ¡of ¡Data ¡ creates ¡confusion ¡among ¡doctors ¡and ¡frustrates ¡patients. ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

Potential ¡with ¡HTG ¡| ¡HTG ¡offers ¡opportunities ¡ 3 ¡ for ¡improved ¡patient ¡care ¡ Full ¡Molecular ¡Profiling ¡in ¡Every ¡Lab ¡ with ¡accelerated ¡turnaround ¡for ¡actionable ¡results. ¡ Samples ¡are ¡Optimized ¡ reduced ¡tissue ¡requirements ¡and ¡improved ¡workflow. ¡ Personalized ¡Therapies ¡ and ¡optimized ¡drug ¡selection ¡delivered ¡at ¡the ¡local ¡level. ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

4 ¡ HTG ¡Molecular ¡Mission ¡ ¡ Establish ¡the ¡HTG ¡Edge ¡platform ¡as ¡a ¡standard ¡in ¡molecular ¡ profiling, ¡and ¡to ¡allow ¡its ¡benefits ¡to ¡be ¡accessible ¡to ¡all ¡ molecular ¡labs ¡from ¡research ¡to ¡the ¡clinic. ¡ ¡ Empowering ¡personalized ¡medicine ¡at ¡a ¡local ¡level ¡ HTG EdgeSeq Lung Fusions Panel Sample H3122-10K_2 Fusion Panels ALK 5' ALK 3' ROA1 5' ROS1 3' RET 5' RET 3' NTRK1 5' NTRK1 3' 164 1502 230 286 56 59 101 109 Ratio (3' / 5') 9.16 Ratio (3' / 5') 1.24 Ratio (3' / 5') 1.05 Ratio (3' / 5') 1.08 Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

The ¡Profiling ¡Picture ¡of ¡Today ¡ Fusions ¡/ ¡ Rearrangements ¡ Copy ¡Number ¡ Variations ¡ Mutations ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

6 ¡ The ¡Complete ¡Profiling ¡Picture ¡of ¡the ¡Future ¡ Fusions ¡/ ¡ Gene ¡ Rearrangements ¡ Expression ¡ Copy ¡Number ¡ Variations ¡ microRNA ¡ Mutations ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

7 ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡chemistry ¡| ¡What ¡we ¡do ¡ Nuclease ¡protection ¡assays ¡ Accurate ¡way ¡to ¡measure ¡RNA ¡expression ¡ ¡ That ¡are ¡highly ¡multiplexed ¡ As ¡many ¡as ¡2500 ¡on ¡the ¡HTG ¡EdgeSeq ¡platform ¡ ¡ And ¡completely ¡extraction-­‑free ¡ No ¡RNA/DNA ¡extraction, ¡just ¡solubilize ¡with ¡our ¡ proprietary ¡lysis ¡buffer. ¡ ¡FFPE ¡samples ¡are ¡no ¡trouble. ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

8 ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡chemistry ¡and ¡NGS ¡| ¡Synergy ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡chemistry ¡is ¡optimized ¡for ¡NGS ¡workflow ¡automation ¡ ¡ ¡... elegant ¡simplicity ¡ Sample Prep Library Prep Quantitation Data Analysis Lyse Samples; No RNA Extraction Target Capture Add Tags and NGS High Plex Adaptors, then Pool FFPE Tissue Frozen Tissue Plasma/Serum PAXgene Cells ����������� Sample Prep Kit HTG Edge Processor 30-90 min 20 hr 2 hr 6-8 hr 15-30 min 30 min hands-on 40 min hands-on 15 min hands-on � Lysis-­‑only ¡assay ¡with ¡a ¡simple ¡workflow ¡ No ¡RNA ¡ � No ¡RT, ¡ligation, ¡selection, ¡shearing, ¡or ¡depletion ¡steps ¡ Extraction ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

9 ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡chemistry ¡| ¡Tissue ¡microarrays ¡(TMAs) ¡ XD-10927 1.5 ¡mm ¡diameter ¡ (1.7 ¡mm 2 ¡ area) ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

HTG ¡EdgeSeq ¡miRNA ¡Whole ¡Transcriptome ¡| ¡ 10 ¡ (miRNA ¡WTA) ¡ ¡ ¡ ¡ � Version ¡20 ¡of ¡miRBase, ¡measuring ¡2,255 ¡human ¡ miRNAs ¡ ¡ � Compatible ¡with ¡Illumina ¡and ¡Ion ¡Torrent ¡ platforms ¡ � Compatible ¡with ¡multiple ¡sample ¡types ¡ o Plasma ¡ o Serum ¡ o PAXgene ¡ o FFPE ¡tissue ¡ o Frozen ¡tissue ¡ o Cell ¡lines ¡ o RNA ¡ ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

HTG ¡EdgeSeq ¡miRNA ¡WTA ¡assay ¡| ¡Sample ¡ 11 ¡ format ¡correlation ¡ ¡ RNA ¡extracted ¡from ¡FFPE ¡ Matching ¡frozen ¡lysate ¡ Matching ¡FFPE ¡lysate ¡ FFPE ¡lysate ¡(no ¡RNA ¡extraction) ¡ Matched ¡fixed ¡and ¡frozen ¡tissue ¡ FFPE ¡sample ¡lysate ¡or ¡extracted ¡RNA ¡ no ¡RNA ¡extraction ¡ Ovarian ¡cancer ¡FFPE ¡sample ¡ B-­‑cell ¡lymphoma ¡cell ¡line ¡ ¡ Use ¡whichever ¡format ¡you ¡have ¡available ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡miRNA ¡WTA ¡/ ¡Illumina ¡MiSeq ¡ ¡ ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

12 ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡miRNA ¡WTA ¡| ¡Reproducibility ¡ Different ¡Days, ¡Same ¡Sample ¡ Technical ¡replicates ¡ Rep ¡1 ¡ Rep ¡2 ¡ Rep ¡ 3 ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

HTG ¡EdgeSeq ¡system ¡| ¡Lung ¡FFPE ¡classification ¡ 13 ¡ using ¡miR-­‑205 ¡ miR-­‑205 ¡expression ¡has ¡been ¡reported ¡to ¡differentiate ¡squamous ¡from ¡adeno ¡non-­‑small ¡cell ¡ lung ¡cancer 1 . ¡ ¡let7a-­‑5p ¡expression ¡is ¡shown ¡as ¡a ¡comparison. ¡ ¡Data ¡were ¡normalized ¡to ¡all ¡ counts ¡and ¡plotted ¡in ¡R. ¡ 1 J ¡Clin ¡Oncol. ¡2009 ¡Apr ¡20;27(12):2030-­‑7 ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡

14 ¡ HTG ¡EdgeSeq ¡Oncology ¡Biomarker ¡Panel ¡ ¡ ¡ � Profile ¡expression ¡of ¡2600+ ¡cancer-­‑related ¡genes ¡ Oncology ¡pathways ¡ Immuno-­‑Oncology ¡markers ¡ Drug ¡targets ¡ Histology ¡and ¡subtype ¡markers ¡ ¡ ¡ * ¡In ¡development ¡ Simple ¡ ¡| ¡ ¡Accurate ¡ ¡| ¡ ¡Molecular ¡Profiling ¡ For ¡Research ¡Use ¡Only. ¡Not ¡for ¡use ¡in ¡diagnos8c ¡procedures. ¡ Presented ¡at ¡PMWC ¡January ¡26, ¡2015. ¡