ERC grant workshop My ERC project + experience (1 st and 2 - PDF document

5/27/18 plans • Briefly ¡about ¡my ¡background ERC ¡grant ¡workshop • My ¡ERC ¡project ¡+ ¡experience ¡(1 st and ¡2 nd try) • My ¡thoughts ¡on ¡how ¡to ¡structure ¡a ¡grant ¡application • ‘hands-­‑on-­‑practice’ Tartu, ¡ May ¡23, ¡ 2018 Carolina ¡Wählby • Discussion • Final ¡thoughts Professor ¡ in ¡Quantitative ¡ Microscopy Centre ¡ for ¡Image ¡ Analysis, ¡Dept. ¡ of ¡ Information ¡ Technology, ¡and ¡ Director ¡ of ¡ the ¡SciLifeLab ¡BioImage ¡ Informatics ¡ facility Uppsala ¡University, ¡Uppsala, ¡Sweden ERC ¡ consolidator ¡ grant ¡ holder Briefly ¡about ¡ my ¡background 2009-­‑2015 ¡Principal ¡Investigator, ¡Imagin g ¡Platform, ¡ 1998 ¡MSc ¡in ¡Molecular ¡Biotechnology ¡ at ¡UU, ¡thesis ¡a t ¡CMB, ¡KI: ¡Using ¡ GF P ¡constructs ¡to ¡study ¡PML-­‑bodie s ¡ Broad ¡Institute ¡of ¡Harvard ¡and ¡MIT, ¡Boston and ¡protein ¡targeting, ¡‘counting ¡500 ¡000 ¡ce lls ¡ma kes ¡a ¡PhD, ¡c ounting ¡5 ¡0 00 ¡000 ¡ma kes ¡a ¡professor’ 2011 ¡NIH, ¡NIGMS, ¡grant ¡1R01 ¡‘model ¡grant’ 2003 ¡PhD ¡in ¡digital ¡image ¡analysis ¡at ¡the ¡Centre ¡for ¡Image ¡Anal ysis ¡(2003), ¡ UU: ¡Collaboration ¡with ¡CCK, ¡KI ¡on ¡quantific ation ¡of ¡cy clin ¡ expression ¡in ¡ normal ¡vs ¡cancer ¡tissue. ¡ 2011 ¡‘Strategic ¡recruitment’ ¡SciLifeLab ¡, ¡50% ¡ 2013 ¡Swedish ¡Research ¡ Council ¡Y oung ¡In vestigator ¡grant ¡ Associate ¡Professor ¡(lektor) ¡in ¡Quantitative ¡ AstraZeneca/SciLifeL ab-­‑Research ¡Coll ab. ¡Grant, ¡co-­‑PI, ¡w ith ¡S. ¡Nelander Microscopy, ¡SciLifeLa b Grant ¡from ¡eSSENCE for ¡Large-­‑sc ale ¡ana lysis ¡of ¡l ive ¡c ells ¡ Cell ¡detection ¡and ¡quantification ¡of ¡ruffling ¡at ¡Rac1 -­‑activa tion : ¡ 2014 ¡Professor ¡in ¡Quantitative ¡Microsc opy, ¡Dept. ¡IT, ¡UU ¡(+20% ¡P I ¡at ¡the ¡Broad ¡Inst.) a ¡consultancy ¡study ¡sponso red ¡by ¡Amersha m Biosc ienc es ¡(n o w ¡ President’s ¡Innovation ¡award ¡2014, ¡ Socie ty ¡of ¡Biomolec ular ¡Imagi ng ¡and ¡In formatics GE) ¡for ¡the ¡first ¡version ¡of ¡INCell Analy ser. ISAC ¡(International ¡Society ¡for ¡the ¡Advancement ¡of ¡Cytometry) ¡Sc holar ¡ 2015 ¡Prof. ¡responsible ¡for ¡research ¡education ¡ Computerized ¡Imag e ¡Processing , ¡Dept. ¡IT, ¡UU Thuréus Prize Tracking ¡of ¡unstained ¡stem ¡c ells ¡in ¡c ollabora tio n ¡ 2016 Member ¡of ¡the ¡Royal ¡Academy ¡of ¡Scienc es ¡at ¡Upp sa la 3h ¡pos t ¡plat ing 96h ¡pos t ¡pla tin g Board ¡member ¡of ¡SciLifeLab ¡Uppsala ¡stearing c ommittee. with ¡Chalmers ¡and ¡Department ¡of ¡Clinical ¡ ERC ¡consolidator ¡grant ¡‘TissueMaps’ ¡ Board ¡member ¡of ¡Swedish ¡Bioimaging Neuroscience, ¡Göteborg Unive rsity ¡and ¡ wav e le t-­‑ Board ¡member ¡of ¡the ¡National ¡Microscopy ¡Infrastructure ¡ Evaluator ¡of ¡grant ¡applications ¡for ¡the ¡Swedish ¡Research ¡Counc il ¡ based ¡cell ¡classifica tion ¡for ¡Histogenic s. Board ¡member ¡of ¡Upptech Swedish ¡representative ¡of ¡the ¡Management ¡Committe e ¡fo r ¡ 2017 ¡Facility ¡director, ¡SciLifeL ab ¡BioIma ge ¡Informatics ¡fac ility. ¡ COST ¡Action ¡NEUBIAS Chairman ¡of ¡the ¡Board ¡of ¡the ¡Centre ¡for ¡Image ¡Analysis, ¡UU. 2005 ¡PostDoc, ¡Dept. ¡Genetics ¡and ¡Pa thology, ¡UU. ¡Detection ¡and ¡c lassific ation ¡of ¡signals ¡from ¡differe n t ¡ Member ¡of ¡the ¡Swedish ¡Royal ¡Academy ¡ of ¡engineering ¡ sc iences ¡(IVA) variants ¡of ¡padlock ¡and ¡proximity ¡probes ¡in ¡c ells, ¡tissue ¡and ¡ on ¡glass ¡ surfaces. ¡Code ¡from ¡thesis ¡ wt Vinnova grant ¡Analytic ¡Imaging ¡Diagnostic ¡Arena ¡(AIDA, ¡Co-­‑invest. ¡with ¡C. ¡L undström) m utant contributed ¡to ¡CellProfiler. SSF ¡Big ¡Data ¡grant ¡on ¡Hierarchical ¡analy sis ¡methods ¡(PI) WP ¡leader ¡of ¡ENLIGHT, ¡ENhanc ed L IGase based ¡Histochemic al ¡Tec hniques ¡EU ¡FP-­‑6 SSF ¡Systems ¡Biology ¡grant ¡on ¡Sy stems ¡Microsc opy ¡(Co-­‑PI, ¡w ith ¡S. ¡Strömholm, ¡KI) 2018 ¡Program ¡responsible ¡professor ¡(=chai r) ¡in ¡ Computerized ¡Image ¡Processing ¡a nd ¡Human ¡ Member ¡of ¡the ¡Docent ¡committee ¡of ¡the ¡Faculty ¡of ¡Science ¡and ¡Tec hnology , ¡UU ¡ 2009 ¡Associate ¡Professor ¡(docent) ¡in ¡ Digital ¡Imag e ¡Processing ¡2009 Computer ¡Interaction, ¡Dept. ¡IT, ¡UU TissueMaps Anders Carolina ¡Wählby, ¡Upp sala ¡Unive rsity, ¡Swe de n, ¡an d ¡ B ro ad ¡ Institute ¡of ¡Harvard ¡and ¡MIT , ¡USA Agnes, ¡ born ¡2005 Jonatan, ¡born ¡2001 ht t p: //si t n. hm s. har var d. edu cell ¡ identity /function ¡ =gene ¡ expression vs cell ¡ location /tissue ¡organization ¡ =morphology Problem: ¡ connecting ¡ identity Matilda, ¡ born ¡2007 ¡ with ¡ location 1