SynBIGreen Synthe'c Biology Indonesia Go Green Synthe'c - PowerPoint PPT Presentation

SynBIGreen ¡ Synthe'c ¡Biology ¡Indonesia ¡Go ¡Green ¡ Synthe'c ¡Biology ¡Indonesia ¡Go ¡Green ¡

OVERVIEW ¡ BACKGROUND ¡ WETLAB ¡ PLASTIC ¡WASTE ¡ MODELING ¡ Widely ¡used ¡in ¡various ¡ applica'on ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ Many ¡of ¡plas'cs ¡are ¡ unbiodegradable ¡ PET ¡takes ¡500 ¡or ¡even ¡ 1000 ¡years ¡to ¡degrade ¡ ACHIEMENTS ¡

WHOLECELL ¡BIOCATALYST ¡

OVERVIEW ¡ PROJECT ¡OVERVIEW ¡ WETLAB ¡ DegradaCon ¡ MODELING ¡ ConverCon ¡ ¡ Module ¡ Module ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ Regulatory ¡ Reporter ¡ Module ¡ Module ¡ ACHIEMENTS ¡

DEGRADATION ¡MODULE ¡

CONVERTION ¡MODULE ¡

REPORTER ¡MODULE ¡

REGULATORY ¡MODULE ¡ OmpA ¡– ¡LC ¡CuCnase ¡

OVERVIEW ¡ ASSAY ¡METHOD ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ Chromic ¡ SDS-­‑ pNPP ¡ SEM ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ Acid ¡ Page ¡ Assay ¡ Assay ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ SDS ¡PAGE ¡ WETLAB ¡ Ladder ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡1 ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡2 ¡ Ladder ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡3 ¡ MODELING ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ 50 ¡kD ¡ Figure ¡6 ¡ 1 : ¡Supernatant ¡of ¡ E. ¡coli ¡ contain ¡ OmpA-­‑LC ¡ Cu'nase ¡ 2 : ¡Pelet ¡of ¡ E. ¡coli ¡ contain ¡OmpA-­‑ ACHIEMENTS ¡ LC ¡Cu'nase ¡ 3 : ¡ E. ¡coli ¡ BL21 ¡ Supernatan ¡

OVERVIEW ¡ SCANNING ¡ELECTRON ¡ MICROSCOPY ¡ WETLAB ¡ A ¡ B ¡ MODELING ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ ACHIEMENTS ¡ Figure ¡1. ¡ A. Control ¡(PET ¡plas'c ¡incubated ¡in ¡medium) ¡ B. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡(ITB) ¡

OVERVIEW ¡ SCANNING ¡ELECTRON ¡ MICROSCOPY ¡ WETLAB ¡ A ¡ B ¡ MODELING ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ ACHIEMENTS ¡ Figure ¡2. ¡ A. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡(ITB) ¡ B. PET ¡plas'c ¡aQer ¡treatment ¡with ¡LC-­‑Cu'nase ¡(UC ¡Davis) ¡

OVERVIEW ¡ CHROMIC ¡ACID ¡ASSAY ¡ WETLAB ¡ Absorbance ¡Vs ¡IncubaCon ¡Time ¡ Ethylene ¡Glycol ¡ConcentraCon ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡ ITB ¡ UC ¡Davis ¡ 0.900 ¡ MODELING ¡ 0.800 ¡ 0.510 ¡ 0.700 ¡ Ethylene ¡Glycol ¡Conc ¡(ppm) ¡ 0.600 ¡ 0.500 ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ 0.400 ¡ UC ¡Davis ¡ 0.266 ¡ 0.264 ¡ 0.229 ¡ ITB ¡ 0.300 ¡ 0.212 ¡ 0.200 ¡ 0.100 ¡ 0.000 ¡ 0.000 ¡ 2 ¡ 4 ¡ 6 ¡ Time ¡(hours) ¡ 2 ¡ 4 ¡ 6 ¡ Figure ¡3. ¡ Ethylene ¡Glycol ¡Concentra'on ¡from ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡ Figure ¡2. ¡ Ethylene ¡Glycol ¡Absorbance ¡from ¡LC ¡ITB ¡and ¡LC ¡UC ¡Davis ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ pNPP ¡ASSAY ¡ AcCvity ¡of ¡LC-­‑CuCnase ¡(25°C) ¡ AcCvity ¡of ¡LC-­‑CuCnase ¡(60°C) ¡ WETLAB ¡ 12.0000 ¡ 14.0000 ¡ 12.0000 ¡ 10.0000 ¡ MODELING ¡ 10.0000 ¡ 8.0000 ¡ 8.0000 ¡ Unit/mL ¡ Unit/mL ¡ 6.0000 ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ 6.0000 ¡ 4.0000 ¡ 4.0000 ¡ 2.0000 ¡ 2.0000 ¡ 0.0000 ¡ 0.0000 ¡ ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡from ¡ ompA-­‑LC-­‑Cu'nase ¡from ¡ Control ¡(BL21) ¡ LC-­‑Cu'nase ¡UC ¡Davis ¡2012 ¡ Control ¡(BL21) ¡ LC-­‑Cu'nase ¡UC ¡Davis ¡2012 ¡ ITB_Indonesia ¡ ¡ ITB_Indonesia ¡ ¡ ACHIEMENTS ¡ Ac'vity ¡ Ac'vity ¡ 0.4238 ¡ 0.8103 ¡ 10.6956 ¡ 0.2244 ¡ 0.5173 ¡ 11.4373 ¡ Figure ¡5. ¡ LC-­‑Cu'nase ¡ac'vity. ¡The ¡enzyma'c ¡ac'vity ¡was ¡determined ¡at ¡60°C ¡in ¡ Figure ¡4. ¡ LC-­‑Cu'nase ¡ac'vity. ¡The ¡enzyma'c ¡ac'vity ¡was ¡determined ¡at ¡25°C ¡in ¡ assay ¡condi'on ¡using ¡pNP-­‑palmitate ¡(C 16 ) ¡as ¡a ¡substrate. ¡The ¡experiment ¡was ¡ assay ¡condi'on ¡using ¡pNP-­‑palmitate ¡(C 16 ) ¡as ¡a ¡substrate. ¡The ¡experiment ¡was ¡ carried ¡out ¡twice. ¡ carried ¡out ¡twice. ¡

OVERVIEW ¡ WETLAB ¡ MODELING ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ ACHIEMENTS ¡ Figure ¡8. ¡ The ¡correla'on ¡of ¡cu'nase, ¡inclusion ¡body, ¡and ¡blue ¡ protein ¡produc'on ¡

Figure ¡9. ¡ PET ¡Degrada'on ¡VS ¡Ethylene ¡Glycol. ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ WETLAB ¡ Advantage ¡ MODELING ¡ • Whole ¡Cell ¡Biocatalyst ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ • Cons'tu've ¡Promoter ¡(More ¡economical) ¡ • Self ¡Regulatory ¡ • More ¡Applicable ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ Human ¡PracCces ¡ WETLAB ¡ Biology ¡ QuesConnaire ¡ MODELING ¡ Interview ¡ EducaCon ¡ Expo ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ Synbio ¡ Teams ¡ CollaboraCon ¡ Class ¡ Meetup ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ SyntheCc ¡Biology ¡Related ¡Problems ¡ PlasCcs ¡Usage ¡Frequency ¡ 17% ¡ WETLAB ¡ Environment ¡ 37% ¡ 32% ¡ OQen ¡ 47% ¡ Health ¡ Very ¡OQen ¡ 22% ¡ Rare ¡ MODELING ¡ Energy ¡ Food ¡and ¡ Nutri'on ¡ 29% ¡ 16% ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ Aber ¡Use ¡PlasCc ¡Bocle ¡Treatment ¡ 1% ¡ 27% ¡ Wasted ¡ ¡ 40% ¡ Reused ¡ Collected ¡ ACHIEMENTS ¡ Other ¡ SynBIGreen ¡ QuesConnaire ¡ 32% ¡

OVERVIEW ¡ SynBio ¡IntroducCon ¡in ¡UniversiCes ¡ WETLAB ¡ Indonesia ¡University ¡of ¡ Pasundan ¡University ¡ EducaCon ¡ MODELING ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBio ¡Class ¡in ¡ITB ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBio ¡Indonesia ¡Teams ¡Meetups ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Kids ¡ with ¡ Fun ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

Media ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

SynBio ¡in ¡Social ¡Media ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡

OVERVIEW ¡ ACHIEVEMENTS ¡ WETLAB ¡ • Designed ¡several ¡new ¡BioBricks ¡ ¡ MODELING ¡ • Characterised ¡our ¡BioBricks ¡BBa_K1387006 ¡ • Helped ¡UB_INDONESIA ¡2014 ¡Team ¡by ¡debugging ¡their ¡ construct ¡(BBa_K1367006 ¡and ¡BBa_K1367007) ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ • Characterised ¡an ¡exis'ng ¡BioBrick ¡Device ¡(BBa_K936020) ¡ from ¡UC ¡Davis ¡ • Developed ¡new ¡method ¡using ¡chromic ¡acid ¡for ¡ethylene ¡ glycol ¡assay ¡ ACHIEMENTS ¡

ACKNOWLEDGEMENT ¡ General ¡Support ¡: ¡ • Dr. ¡Sony ¡Suhandono, ¡Dr. ¡Dessy ¡Natalia, ¡Dr. ¡Maelita ¡R. ¡Moeis ¡Dr. ¡Dessy ¡ Natalia ¡ ¡ Modeling ¡Support ¡: ¡ • Melia ¡Silmi, ¡Faisal ¡Rahmananda ¡and ¡Dr. ¡Mochamad ¡Apri ¡ ¡ Imaging ¡Support ¡: ¡ • Faculty ¡of ¡Mathema'cal ¡and ¡Natural ¡Science ¡Ins'tut ¡Teknologi ¡Bandung ¡ helped ¡with ¡the ¡Scanning ¡Electron ¡Microscope ¡(SEM) ¡ Video ¡Support: ¡ • Muhammad ¡Daniel ¡Sep'an ¡ Wiki ¡Support ¡ • Riandy ¡Rahman ¡Nugraha ¡

THANK ¡YOU ¡

PARTS ¡ HUMAN ¡PRACTICE ¡ MODELING ¡ WETLAB ¡ OVERVIEW ¡ ACHIEMENTS ¡