Biocode Field Informa0on Management System (FIMS) John - PowerPoint PPT Presentation

Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡ Management ¡System ¡(FIMS) ¡ John ¡Deck, ¡UC ¡Berkeley ¡ TDWG, ¡2014 ¡ ¡ ¡

Manage ¡data ¡on ¡the ¡ following ¡field-­‑based ¡ ac0vi0es ¡and ¡data ¡ Collec0ng ¡ Specimen ¡Prepara0on ¡ Tissue ¡Sub-­‑sampling ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ ¡-­‑-­‑ ¡ ¡Biocode,LLC ¡

System ¡Requirements ¡ Offline ¡data ¡entry ¡ Robust ¡ Data ¡valida0on ¡ GUIDs ¡at ¡the ¡source ¡ Retain ¡and ¡archive ¡all ¡versions ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 3 ¡ Biocode,LLC ¡

FIMS ¡Workflow ¡ Generate ¡Spreadsheet ¡Template ¡ Create ¡Project ¡ Create ¡ Enter ¡Data ¡on ¡Spreadsheet ¡ Valida0on ¡ Upload ¡ Query ¡ • User ¡sets ¡what ¡columns ¡they ¡want ¡to ¡see ¡ • Valida0on ¡rules ¡for ¡data ¡ Project ¡ • Spreadsheet ¡data ¡entry ¡happens ¡off-­‑line. ¡ • Itera0ve ¡process ¡ • Each ¡dataset ¡is ¡given ¡a ¡persistent ¡iden0fier ¡ • Each ¡project ¡defines ¡whether ¡it ¡is ¡public ¡or ¡not. ¡ • Creates ¡an ¡Excel ¡Spreadsheet ¡for ¡use ¡ ¡ • Lookup ¡lists ¡ • Drop-­‑down ¡lists ¡available ¡for ¡defined ¡lists ¡ • Provides ¡user ¡with ¡feedback ¡for ¡improving ¡their ¡ • Stored ¡na0vely ¡as ¡RDF ¡triples ¡ • Query ¡capabili0es ¡via ¡web ¡interface ¡or ¡API ¡ ¡ • Iden0fier ¡policies ¡ ¡ data ¡ • No ¡need ¡to ¡define ¡unique ¡schema ¡for ¡each ¡project ¡ ¡ ¡ ¡ Spreadsheet ¡ Enter ¡Data ¡ Upload ¡ Valida0on ¡ Template ¡ Query ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ ¡-­‑-­‑ ¡ ¡Biocode,LLC ¡ 4 ¡

Generate ¡Template ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 5 ¡ Biocode,LLC ¡

Enter ¡Data ¡(Data ¡Fields ¡Tab) ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 6 ¡ Biocode,LLC ¡

Enter ¡Data ¡(Lists ¡Tab) ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 7 ¡ Biocode,LLC ¡

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Validate ¡Data ¡(Response ¡w/ ¡Errors) ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 9 ¡ Biocode,LLC ¡

¡User ¡Fixes ¡Data ¡ jd2 ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 10 ¡ Biocode,LLC ¡

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Finish ¡Valida0on ¡and ¡Publish ¡to ¡ Archive ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 12 ¡ Biocode,LLC ¡

Data ¡stored ¡as ¡RDF: ¡ Queryable ¡in ¡triple-­‑store; ¡offers ¡ seman0c ¡integra0on; ¡archivable; ¡ portable ¡to ¡any ¡other ¡format ¡ <ark:/21547/MY2jd1> ¡ ¡a ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:MaterialSample> ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:decimalLa0tude> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"46" ¡; ¡ Na0ve ¡DwC ¡Term ¡ ¡ GUID ¡Assignment ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:decimalLongitude> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"-­‑122" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:materialSampleID> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"jd1" ¡; ¡ Reference ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:phylum> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"Chordata" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<urn:principalInves0gator> ¡ ¡"Jdeck" ¡. ¡ ¡ <ark:/21547/MY2jd2> ¡ ¡a ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:MaterialSample> ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:decimalLa0tude> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"46" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:decimalLongitude> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"-­‑122" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:materialSampleID> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"jd2" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<dwc:phylum> ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡"Chordata" ¡; ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡<urn:principalInves0gator> ¡ ¡"Jdeck" ¡. ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 13 ¡ Biocode,LLC ¡

Data ¡Query ¡and ¡Visualiza0on ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 14 ¡ Biocode,LLC ¡

Thank ¡You ¡ Acknowledgements: ¡ Moorea ¡Biocode ¡Project, ¡Gordon ¡and ¡Bely ¡Moore ¡Founda0on ¡ BiSciCol, ¡Na0onal ¡Science ¡Founda0on ¡(DBI-­‑0956426) ¡ Berkeley ¡Natural ¡History ¡Museums, ¡UC ¡Berkeley ¡ Smithsonian ¡Ins0tu0on ¡ ¡ Con1nued ¡Development ¡and ¡Support: ¡ Biocode, ¡LLC, ¡building ¡sonware ¡in ¡support ¡of ¡sample-­‑based ¡data ¡ collec0on. ¡ ¡Contact ¡jdeck88@gmail.com ¡for ¡more ¡informa0on ¡ ¡ For ¡more ¡Informa1on: ¡ hlp://biscicol.org/biocode-­‑fims/ ¡ ¡ Biocode ¡Field ¡Informa0on ¡System ¡ 15 ¡ Biocode,LLC ¡