Introduc)on to Programming using Python Programming Course - PowerPoint PPT Presentation

Introduc)on ¡to ¡Programming ¡ using ¡Python ¡ Programming ¡Course ¡for ¡Biologists ¡ WC-­‑16 ¡ David ¡Knox ¡and ¡Phil ¡Richmond ¡

Dic)onary ¡Data ¡Type ¡ • Similar ¡to ¡Word ¡Dic)onary ¡ – Lookup ¡by ¡Word ¡ – Find ¡defini)on(s) ¡

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡ Key ¡ Value ¡

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡ Key ¡ Value ¡ 'EcoRI’ 'gaattc' 'BamHI’ 'ggatcc' 'HindIII’ 'aagctt' … …

dict() ¡ • Create ¡new ¡dic)onary ¡ ¡ enzymeRestrictions = dict() • Add ¡item ¡to ¡the ¡dic)onary ¡ enzymeRestrictions[“EcoR1”] = ‘gaattc’ • Get ¡value ¡for ¡item ¡ seq = enzymeRestrictions[“EcoR1”] • Check ¡for ¡item ¡in ¡dict ¡ enzymeRestrictions.has_key(‘HindIII’) • Replace ¡Item ¡ enzymeRestrictions[“EcoR1”] = ‘GAATTC’

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡ Key ¡ Value ¡ ’TATA’ 5 ’GATA’ 6 ’CATA’ 1 … …

Dic)onary ¡is ¡a ¡Table ¡ Key ¡ Value ¡ [‘GAL10’,‘GENE’, 105387 ‘+’,’TSS’, ‘DOUBIOUS’] 105935 [‘LTR’, …] [ ‘GAL1’, ‘GENE’, 106702 …] … …

Compare ¡Data ¡Types ¡and ¡Methods ¡

Dic)onary ¡Methods ¡ • Ini)aliza)on ¡of ¡dic)onary ¡ ¡ d = {‘key1’:’v1’, ‘key2’:’v2’, …} • Get ¡list ¡of ¡the ¡keys ¡in ¡a ¡dic)onary ¡ ¡ d.keys() - order ¡of ¡the ¡keys ¡is ¡unknown ¡ • Get ¡a ¡list ¡of ¡the ¡values ¡in ¡a ¡dic)onary ¡ d.values() • Itera)on ¡through ¡the ¡dic)onary ¡ for key,value in d: print key,”:”,value

Summary ¡WC-­‑16 ¡ • Dic)onary ¡Data ¡Type ¡ • Contains ¡Keys ¡and ¡Values ¡ • Lookup ¡Table ¡ ¡ • Look ¡by ¡key ¡ • Key ¡is ¡unique ¡ • Value ¡can ¡be ¡any ¡object ¡ ¡ (including ¡a ¡dic)onary) ¡