exhaus ve parameter space searches in cryo electron
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Exhaus've Parameter Space Searches in Cryo-Electron - PowerPoint PPT Presentation

Exhaus've Parameter Space Searches in Cryo-Electron Microscopy using GPU Oleg Kuybeda, PhD Open and Closed state of HIV spike 24


  1. Exhaus've ¡Parameter ¡Space ¡Searches ¡ ¡ in ¡Cryo-­‑Electron ¡Microscopy ¡using ¡GPU ¡ ¡ Oleg ¡Kuybeda, ¡PhD ¡

  2. Open ¡and ¡Closed ¡state ¡of ¡HIV ¡spike ¡– ¡24 ¡Å ¡tomography ¡ A ¡typical ¡tomography ¡subvolume ¡ XZ ¡slice ¡ YZ ¡slice ¡ XY ¡slice ¡ σ SNR s 0 . 25 = ≈ σ n

  3. Nuclear ¡Norm ¡ ¡ allows ¡one-­‑verus-­‑many ¡comparison ¡ n ( ) A A ¡ ∑ = λ i * i 1 = ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ( ) ¡ ¡-­‑ ¡singular ¡values ¡of ¡ A ¡ A λ i • Incremental ¡SVD ¡update/downdate ¡ T = A ⋅ A T + b ⋅ b T [ ] ⋅ Ab [ ] Ab – is ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡as ¡compared ¡to ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡of ¡SVD ¡ ( ) ( ) 3 O n 2 O n – can ¡be ¡efficiently ¡implemented ¡in ¡GPU ¡

  4. Near-­‑Atomic ¡Single ¡Par'cle ¡Reconstruc'on ¡ ¡ E-­‑coli ¡beta-­‑galactosidase ¡-­‑ ¡3.2 ¡Å ¡ ¡

  5. Thank ¡you! ¡

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