DNA/RNA�targeted molecular analysis of bacterial communities Lysis, DNA/RNA DNA/RNA extraction purification ����������� ��� �������� PCR/RT�PCR amplification of 16S rRNA or functional genes Identification Cloning Sequencing Phylogenetic analysis Fingerprinting: DGGE, TGGE, RFLP, t�RFLP, SSCP �
The universal SSU rRNA tree Bacteria, 1998 ����������� ��� �������� Hugenholtz ����� . 1998 ����������� 180, 4765– 4774. �
Nitrification ����#�����"� N flux ��"�����#����� 1.5 x 10 15 g soil N y �1 ����������� ���#��� 6 x 10 15 g marine N y �1 �$����� � ��"������ �� � �� � ����������� �##����� �������� �� � ��"������ �$������� �$������� ��� ���� �� % �� �������� � � � �� �� ���� �� � �� � �� � � �� � �� % � � � � � � ���#��� �� � � �� � � �� � � ���#��� ������������� ������������������������ � �� � &��!���� �������� TEM Image credit: W.J. Hickey, University of Wisconsin�Madison, 2006. ���!��" ��������������� ��������������������� ��������������� �
Ammonia oxidiser taxonomy ������������ ������������ ������������������ ������������������ ����������� ��� ������������ ������������ ������������� ������������ ������������ ������������� �������� ������������� ������������� ������������������� ������������������� �
����������*��������������� ����������*��������������� ������������ ������������ ������������ ������������ ��3������ ���������� Cluster 5 ��12�� ���������� ��3���!� ���������� Cluster 2 ��3����� ��������� ��3������ ���������� ��3������ ���������� ��������� !� ��6)�� �*71,*��� �������� �*71,*��� ���������� �*71,*%"�� �������� �*71,*%"�� ���������� ��������� !� ������������������� ���2�"�� �������"� �����-�� �������#� �������� ���������������������� ������ �*71,*%"�� ��!������ !� �*71,*%"& �������� ��3������ ������$� ����������� ��3���� � �����%�� �������� ��1)�� ������������� �����)!���)�9���� �����&�� ��6)�� ��������&� ��)�� ������&� ��� ��1)�� ������������� ��������������� ���������������������� ��9������� ��������'� ��6)�..� �������� ��6)�.� �����"�� Cluster 3 �������� ��1)�� ���������� !� �)*+��,,��!� ��1)�� ��$������ !� Cluster 6 ��62�� ���������� !� ��62�� ��&������ !� �)*+��,,�8�� ��12�� ���������� ��3���� � �����&�� ��)�& ������������� ��������������� ����������������������� ���2�"�� ��)��� ����$����� ��62�� ����$������ )*+��,,��!� ������������� ���������������� )*+��,,�8��� �)*+��,,�� ���������� ���������������������� ���2�"�� Cluster 7 ��������� !� )*+��,,�� �������������������� ��������������� )*+��,,�&$ )*+��,,�&$ )*+��,,��& )*+��,,��� ������������������������� ������ ���������������������� ������ ��12�� �)*+��,,��� ���������� !� ��1)�� ��12�� ��3���&� ������������������������ ��3������ ��������������� ��3���$� ����������������������� ������ ���������������������� ��3����$� Cluster 1 ���������������������� ��3���$� �������������������� ��3������ ����������� ! ��������������������� ��3������ ��3���!� Reference )*+��41�5�-!� ��3����!� ��3������ β �proteobacteria ��3������ )*+��,,�!& )*+��41�5�%� ��3����� ��3��� � ��3����� �����&!� �������� �������%(� )*+��,,�-%&� ,������������ Stephen ��� �������� � ��������&� �������'�� Cluster 4 ���������� +��� ���&������ !� �� ., 1996 ���./0�-��� ������������� ��������������� ���./0�-��� !� ��������$� AEM 62, &����� �������� � ���-��� !� ����$���$� 4147�54. '() +���"� �
-�������������!������������� �##������$������� • .��� � '�#�� '�#�� • .�� ����!����� ���������� • . � +� % �!���� ����� ����������� • ������� ����� ��� • ���� �������� '�#"���" �' ���� '(�" '(�" Webster ��� �� ., 2005 ��� ����� �������##������������������������������/ 7, 676�684. �
����������������������������� ������� �������� �������� �� �� �� ����������� ��� '1(( �����"�������5�36"�#� �' 4 �������� '0(( '%(( 7 �� % �� %7 '�(( '((( 7����� 1(( 7����� 0(( %(( � ���� � ���� �� � �� � �� �� � �� � �� �(( Webster ��� 7 �� % %7 �� �� ., 2005 ( ��� ����� 7, ( �( %( 0( 1( '(( 676�684. 2�#��3����4 �
���������������������������� ������� �������� �������� �� �� �� ����������� ��� '%(( �����"�������5�36"�#� �' 4 �������� '�(( �� % �� %7 7 '((( 7����� 7����� 1(( 0(( %(( �� � �� � �� � � ���� ���� �(( Webster ��� �� � � �� �� �� % �� %7 7 �� ., 2005 ( ��� ����� ( �( %( 0( 1( '(( 7, 676�684. 2�#��3����4 �
Recommend
More recommend