1 2 Plan throw out some data points, discuss, add. - PDF document

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Plan ¡– ¡throw ¡out ¡some ¡data ¡points, ¡discuss, ¡add. ¡ ¡ Very ¡free-­‑form. ¡Feel ¡free ¡to ¡interrupt ¡ 3 ¡

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Link: ¡ hCp://www.youtube.com/ watch?v=HRCaMA9ifY0 ¡ ¡ ¡ It ¡was ¡noted ¡that ¡members ¡of ¡the ¡Deisseroth ¡lab ¡had ¡amended ¡the ¡NMDG ¡protocol ¡ for ¡beCer ¡performance. ¡ ¡ ¡ Also, ¡perfusion ¡of ¡animals ¡with ¡cold ¡saline ¡generally ¡improves ¡the ¡viability ¡of ¡older ¡ Vssue, ¡and ¡is ¡parVcularly ¡important ¡for ¡performing ¡dendriVc ¡patch-­‑clamp ¡ experiments. ¡ ¡ 6 ¡

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Some ¡discussion ¡confirmed ¡that ¡MS ¡OneNote, ¡which ¡is ¡included ¡in ¡current ¡versions ¡of ¡ Office, ¡is ¡excellent ¡as ¡a ¡lab ¡notebook, ¡parVcularly ¡with ¡a ¡nicely ¡integrated ¡screencap ¡ feature ¡and ¡ ¡ease ¡of ¡commenVng ¡anywhere ¡on ¡the ¡page. ¡ 26 ¡

Link: ¡hCp://dl.dropbox.com/u/205652/NENS230_F2011_Archive.zip ¡ ¡ 27 ¡

email: ¡forrest.collman@gmail.com ¡ hCp://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/22114 ¡ ¡

If ¡you ¡have ¡a ¡bug ¡with ¡abfload, ¡send ¡Forrest ¡a ¡note ¡WITH ¡the ¡datafile ¡aCached ¡– ¡that ¡ way ¡he ¡can ¡test ¡what ¡the ¡bug ¡is! ¡

Link: ¡hCp://nipy.sourceforge.net/niVme/ ¡ ¡ 32 ¡

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For ¡a ¡good ¡Vme, ¡ask ¡David ¡Tank ¡about ¡“Calcium ¡Imaging.” ¡ 34 ¡

It ¡was ¡noted ¡that ¡people ¡have ¡observed ¡great ¡variaVon ¡with ¡–AM ¡dyes ¡from ¡batch ¡to ¡ batch. ¡One ¡of ¡the ¡former ¡experts ¡at ¡Molecular ¡Probes ¡(?) ¡is ¡now ¡at ¡Janelia, ¡and ¡has ¡ made ¡a ¡huge ¡batch ¡personally, ¡and ¡the ¡stuff ¡is ¡apparently ¡PRIMO. ¡Whiskey ¡may ¡be ¡ required ¡to ¡acquire ¡some. ¡ ¡ Note ¡that ¡the ¡AM-­‑dyes ¡are ¡very ¡sensiVve ¡to ¡surgery ¡condiVons; ¡a ¡bit ¡of ¡blood ¡on ¡the ¡ brain ¡will ¡drasVcally ¡reduce ¡loading. ¡ ¡ ¡ 35 ¡

Extra ¡notes: ¡Be ¡sure ¡to ¡make ¡up ¡Pluronic ¡soluVon ¡fresh ¡into ¡DMSO. ¡ ¡ Calcium ¡Green ¡is ¡apparently ¡good ¡for ¡recording ¡spikes. ¡ OGB ¡has ¡fast ¡on ¡and ¡off ¡rates, ¡and ¡is ¡quite ¡bright. ¡ ¡ ¡ ¡ 36 ¡

Changes ¡in ¡voltage, ¡membrane ¡proper3es ¡ Peterka, ¡D.S., ¡Takahashi, ¡H., ¡and ¡Yuste, ¡R. ¡(2011). ¡Imaging ¡voltage ¡in ¡neurons. ¡ Neuron ¡ 69 , ¡9–21. ¡ ¡ Hemodynamic ¡signals ¡ Grinvald, ¡A., ¡Lieke, ¡E., ¡FrosVg, ¡R.D., ¡Gilbert, ¡C.D., ¡and ¡Wiesel, ¡T.N. ¡(1986). ¡ FuncVonal ¡architecture ¡of ¡cortex ¡revealed ¡by ¡opVcal ¡imaging ¡of ¡intrinsic ¡ signals. ¡ Nature ¡ 324 , ¡361–364. ¡ ¡ Autofluorescence ¡in ¡NADH/FADH ¡ Theyel, ¡B.B., ¡Llano, ¡D.A., ¡Issa, ¡N.P., ¡Mallik, ¡A.K., ¡and ¡Sherman, ¡S.M. ¡(2011). ¡In ¡ vitro ¡imaging ¡using ¡laser ¡photosVmulaVon ¡with ¡flavoprotein ¡ autofluorescence. ¡ Nature ¡Protocols ¡6, ¡502–508. ¡ ¡ 37 ¡

Links: ¡ hCp://www.openoptogeneVcs.org ¡ hCp://www.youtube.com/watch?v=y_35QV_BLgs ¡ ¡ ¡ Thor ¡lab ¡has ¡nice ¡LED ¡set ¡ups. ¡ ¡ ¡ Doric ¡also ¡has ¡a ¡new ¡optrode ¡out: ¡see ¡LeChasseur, ¡Y. ¡et ¡al. ¡(2011). ¡A ¡microprobe ¡for ¡ parallel ¡opVcal ¡and ¡electrical ¡recordings ¡from ¡single ¡neurons ¡in ¡vivo. ¡Nat ¡Meth ¡ 8 , ¡ 319–325. ¡ 38 ¡

EMF ¡detectors, ¡oren ¡used ¡to ¡find ¡ghosts, ¡can ¡be ¡an ¡excellent ¡way ¡to ¡find ¡sources ¡of ¡ noise ¡in ¡your ¡room. ¡(which ¡is ¡somewhat ¡fisng). ¡Here’s ¡one: ¡hCp:// www.amazon.com/Aulterra-­‑EMF-­‑Neutralizer-­‑ProtecVon-­‑Computer/dp/B001A82CQ6 ¡ ¡ Also: ¡accelerometers ¡can ¡be ¡of ¡great ¡use ¡in ¡figuring ¡out ¡if ¡your ¡air ¡table ¡is ¡funcVoning ¡ well. ¡A ¡low-­‑sensiVvity ¡version ¡is ¡available ¡for ¡the ¡iPhone. ¡But ¡it ¡won’t ¡be ¡a ¡great ¡ subsVtute ¡for ¡small, ¡but ¡detrimental ¡vibraVons. ¡ 39 ¡

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Check ¡out ¡hCp://www.backyardbrains.com/Home.aspx ¡for ¡your ¡Iphone-­‑compaVble ¡ recording ¡amp!! ¡ 42 ¡

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