Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) Since 1998 (15 - PowerPoint PPT Presentation

Regulatory ¡Sequence ¡Analysis ¡Tools ¡(RSAT) ¡ • Since ¡1998 ¡(15 ¡years ¡!) ¡ • Ini:ated ¡in ¡Cuernavaca, ¡Mexico ¡ • yeast ¡cis-­‑regulatory ¡elements ¡ ¡ Jacques ¡van ¡Helden

RSAT ¡improvements ¡over ¡the ¡years ¡ B!GRe Bioinformatique des Génomes et Réseaux • Conception, implementation, evaluation and application of bioinformatics methods for the analysis of genomes • Regulatory sequences – Motif analysis algorithms (Olivier Sand , Matthieu Jacques van Helden Sylvain Brohée Didier Croes Olivier Sand Jean Valéry Defrance , Maud Vidick, Alejandra Medina-Rivera) Turatsinze – Evolution of cis-acting elements in Bacteria ( Rekin ’ s Janky, PhD student Alejandra Medina-Rivera) – Regulation of development in Drosophila ( Jean Valéry Turatsinze, Elodie Darbo) – Hox regulation in Vertebrates ( Morgane Thomas-Cholli e r) Elodie Darbo Matthieu Defrance Morgane Alejandra Medina Rekin ’ s Janky Thomas-Chollier 2

RSAT ¡improvements ¡over ¡the ¡years ¡ www.rsat.eu Mirror at ENS Thomas-­‑Chollier, ¡Darbo, ¡Herrmann, ¡Defrance ¡, ¡Thieffry, ¡van ¡Helden ¡ Nature ¡Protocols , ¡2012 ¡ Thomas-­‑Chollier, ¡Defrance, ¡Medina-­‑Rivera, ¡Sand, ¡Herrmann, ¡Thieffry, ¡van ¡Helden ¡ Nucleic ¡Acids ¡Research , ¡2012 ¡ ¡ Medina-­‑Rivera, ¡Abreu-­‑Goodger, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡Salgado, ¡Collado-­‑Vides, ¡van ¡Helden ¡ Nucleic ¡Acids ¡Research , ¡2011 ¡ Sand, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡van ¡Helden ¡ Bioinforma6cs , ¡2009 ¡ Thomas-­‑Chollier*, ¡Sand*, ¡Turatsinze, ¡Janky, ¡Defrance, ¡Vervisch, ¡van ¡Helden ¡ ¡ Nucleic ¡Acids ¡Research , ¡2008 ¡ Sand, ¡Thomas-­‑Chollier, ¡Vervisch, ¡van ¡Helden ¡ ¡ Nature ¡Protocols , ¡2008 ¡ Thomas-­‑Chollier*, ¡Turatsinze*, ¡Defrance, ¡van ¡Helden ¡ Nature ¡Protocols , ¡2008 ¡ van ¡Helden, ¡Nucleic ¡Acids ¡Research , ¡2003 ¡ van ¡Helden, ¡André, ¡Collado-­‑Vides ¡ Yeas t, ¡2000 ¡

RSAT ¡overview ¡ • User-friendly interface – http://rsat.ulb.ac.be/rsat/ – Manuals – Demos • Automated utilization – Stand-alone tools – Web services • 2747 supported organisms (June 2011) – 1998 Archaea – 150 Archaea – 104 Fungi – All EnsEMBL genomes (via Ensembl API) – ... • Tasks – Sequence retrieval – Pattern discovery – Pattern matching – Feature-map drawing • Applications – ChIP-seq peaks – Co-expression clusters – Phylogenetic footprints – ... • Thomas-Chollier, M., Sand, O., Turatsinze, J. V., Janky, R., Defrance, M., Vervisch, E., Brohee, S. and van Helden, J. (2008). RSAT: regulatory sequence analysis tools. Nucleic Acids Res 36, W119-27. • Thomas-Chollier, M., Defrance, M., Medina-Rivera, A., Sand, O., Herrmann, C., Thieffry, D. and van Helden, J. (2011). RSAT 2011: Regulatory Sequence Analysis Tools. Nucleic Acids Res Web software issue 2011, in press.

Accessing ¡RSAT ¡ User-­‑friendly ¡access: ¡ • Web ¡pages ¡ ¡ ⇒ descrip?on ¡of ¡the ¡tools ¡in ¡ ¡ Thomas-­‑Chollier, ¡Sand ¡ et ¡al . ¡ RSAT: ¡regulatory ¡sequence ¡analysis ¡tools . ¡ Nucleic ¡Acids ¡ Research ¡(2008) ¡vol. ¡36 ¡Web ¡Server ¡Issue ¡ ¡ Thomas-­‑Chollier ¡ et ¡al . ¡ RSAT ¡2011: ¡Regulatory ¡Sequence ¡Analysis ¡Tools . ¡ Nucleic ¡Acids ¡ Research ¡(2011) ¡ ¡Web ¡Server ¡Issue ¡ ¡ ¡ For ¡large-­‑scale ¡analyses: ¡ ¡ • Web ¡services ¡SOAP ¡(programma?c ¡access ¡to ¡a ¡RSAT ¡server ¡through ¡ internet) ¡ • Command-­‑line ¡in ¡a ¡terminal ¡(RSAT ¡is ¡installed ¡on ¡your ¡computer) ¡ ¡ ¡ ¡

Map ¡of ¡the ¡tools ¡

Common ¡RSAT ¡procedure ¡ 1. ¡Get ¡sequences ¡ 2. ¡Run ¡the ¡analysis ¡ 3. ¡Visualiza:on ¡

Using ¡RSAT ¡ Expandable ¡menus ¡ 2. ¡Run ¡the ¡analysis ¡ 3. ¡Visualiza:on ¡ Help: ¡tutorials, ¡forum ¡ Informa:on: ¡publica:ons,… ¡ hPp://rsat.ulb.ac.be/rsat/ ¡

RSAT ¡Web ¡forms ¡ Tool ¡name ¡ Tool ¡descrip:on ¡ Tool ¡parameters ¡ Output ¡ Go ¡buWon ¡(launches ¡the ¡analysis) ¡ Demo ¡buWon ¡(fill ¡in ¡the ¡form ¡for ¡test ¡ purposes) ¡ Help ¡

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