Network Biology day two Paolo Tieri, CNR, Italy - PowerPoint PPT Presentation

Network ¡Biology ¡ day ¡two ¡ Paolo ¡Tieri, ¡CNR, ¡Italy ¡ Universidade ¡Federal ¡de ¡Minas ¡Gerais ¡ Belo ¡Horizonte, ¡Brazil ¡

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yEd ¡ • hQp://www.yworks.com/en/products/yfiles/ yed/ ¡ ¡ • Desktop ¡applicaEon ¡that ¡can ¡be ¡used ¡to ¡ quickly ¡and ¡effecEvely ¡generate ¡high-­‑quality ¡ diagrams ¡

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Biolayout ¡3D ¡ • hQp://www.biolayout.org/ ¡ • Designed ¡for ¡visualizaEon, ¡clustering, ¡exploraEon ¡ and ¡analysis ¡of ¡very ¡large ¡network ¡graphs ¡in ¡two-­‑ ¡ and ¡three-­‑dimensional ¡space ¡derived ¡primarily, ¡ but ¡not ¡exclusively, ¡from ¡biological ¡data ¡ • hQp://youtu.be/pzyDC16YK14 ¡ ¡

Circos ¡ • hQp://circos.ca/ ¡ ¡ • soAware ¡package ¡for ¡visualizing ¡data ¡and ¡ informaEon. ¡It ¡visualizes ¡data ¡in ¡a ¡circular ¡ layout ¡— ¡this ¡makes ¡Circos ¡ideal ¡for ¡exploring ¡ relaEonships ¡between ¡objects ¡or ¡posiEons ¡ ¡ hQp://youtu.be/y08gvSvoHxg ¡ If ¡you ¡are ¡curious: ¡hQp://youtu.be/M-­‑rTAr3pj5g ¡(54 ¡mins) ¡ ¡

Hive ¡Plots ¡ • hQp://www.hiveplot.net/ ¡ ¡ • A ¡scalable, ¡computaEonally ¡fast, ¡and ¡straight-­‑forward ¡ network ¡visualizaEon ¡method ¡that ¡makes ¡possible ¡ visual ¡interpretaEon ¡of ¡network ¡structure ¡and ¡ evoluEon ¡hQp://youtu.be/1cKG-­‑VHIr8A ¡ ¡

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VisANT ¡ • hQp://visant.bu.edu/ ¡ • IntegraEve ¡network ¡plajorm ¡to ¡connect ¡ genes, ¡drugs, ¡diseases ¡and ¡therapies ¡

NeAT ¡ Network ¡Analysis ¡Tools ¡ • hQp://rsat.ulb.ac.be/index_neat.html ¡ • Modular ¡computer ¡programs ¡specifically ¡ designed ¡for ¡the ¡analysis ¡of ¡biological ¡network ¡

Netwalker ¡ • hQps://netwalkersuite.org/ ¡ • desktop ¡applicaEon ¡for ¡funcEonal ¡analyses ¡of ¡ large-­‑scale ¡genomics ¡datasets ¡within ¡the ¡ context ¡of ¡molecular ¡network ¡

DAPPLE ¡Disease ¡AssociaEon ¡Protein-­‑ Protein ¡Link ¡Evaluator ¡ • hQps://www.broadinsEtute.org/mpg/dapple/ dappleTMP.php ¡ ¡ • DAPPLE ¡looks ¡for ¡ significant ¡physical ¡ connec7vity ¡among ¡proteins ¡encoded ¡for ¡by ¡ genes ¡in ¡loci ¡ associated ¡to ¡disease ¡according ¡to ¡ protein-­‑protein ¡interacEons ¡reported ¡in ¡the ¡ literature ¡ • The ¡hypothesis ¡behind ¡DAPPLE ¡is ¡that ¡causal ¡ geneEc ¡variaEon ¡affects ¡a ¡limited ¡set ¡of ¡ underlying ¡ mechanisms ¡ that ¡are ¡detectable ¡by ¡ protein-­‑protein ¡interac7ons ¡

IPA ¡Ingenuity ¡ • hQp://www.ingenuity.com/products/ipa ¡ • Understanding ¡of ¡complex ¡‘omics ¡data ¡at ¡ mulEple ¡levels ¡by ¡integraEng ¡data ¡from ¡a ¡variety ¡ of ¡experimental ¡plajorms ¡and ¡providing ¡insight ¡ into ¡the ¡molecular ¡and ¡chemical ¡interacEons, ¡ cellular ¡phenotypes, ¡and ¡disease ¡processes ¡ • hQp://youtu.be/_HDkjuxYRcY ¡ ¡

Gephi ¡ • hQps:// gephi.github.io/ ¡ • Gephi ¡is ¡an ¡interacEve ¡ visualizaEon ¡and ¡ exploraEon ¡plajorm ¡ for ¡all ¡kinds ¡of ¡ networks ¡and ¡complex ¡ systems, ¡dynamic ¡and ¡ hierarchical ¡graphs ¡ • hQp:// player.vimeo.com/ video/9726202 ¡ ¡

Databases ¡ • Different ¡from ¡online ¡tools, ¡but ¡more ¡and ¡ more ¡are ¡offering ¡integrated ¡analysis ¡and ¡ visualizaEon ¡tools ¡

Warnings ¡on ¡DB ¡usage ¡ • Ambiguity ¡about ¡the ¡ logic ¡behind ¡the ¡queries ¡ the ¡user ¡is ¡allowed ¡to ¡formulate ¡( query ¡logic ) ¡ • inconsistency ¡among ¡the ¡ iden7fiers ¡the ¡user ¡is ¡ allowed ¡to ¡adopt ¡( Pathway ¡nomenclature ¡and ¡ iden7fiers ) ¡ • a ¡database ¡may ¡simply ¡be ¡missing ¡the ¡relevant ¡ pathway ¡ ¡

Molecular BioSystems View Article Online OPINION View Journal | View Issue Signalling pathway database usability: lessons learned Paolo Tieri* ab and Christine Nardini a Cite this: Mol. BioSyst., 2013, 9 , 2401

• Same ¡may ¡ happen ¡in ¡ PPI ¡ databases ¡ Turinsky ¡et ¡al ¡Nat ¡Biotec ¡2011 ¡

• Despite ¡the ¡high ¡quality ¡of ¡single ¡curated ¡ databases, ¡conflicEng ¡informaEon ¡sEll ¡persists ¡ ¡ • Database ¡curators ¡should ¡devote ¡the ¡same ¡ aQenEon ¡that ¡they ¡pay ¡to ¡the ¡molecular ¡ informaEon ¡stored ¡in ¡their ¡database ¡to ¡the ¡ descripEon ¡of ¡the ¡algorithms ¡and ¡hypotheses ¡ behind ¡the ¡search ¡procedures ¡ ¡ • USER! ¡Always ¡consciously ¡scru7nize ¡the ¡ informa7on ¡available ¡to ¡perform ¡a ¡rigorous ¡ choice ¡of ¡resources ¡ ¡

Pathguide ¡ • hQp://pathguide.org/ ¡ • Pathguide ¡contains ¡informaEon ¡about ¡547 ¡ biological ¡pathway ¡related ¡resources ¡and ¡ molecular ¡interacEon ¡related ¡resources ¡

UniProt ¡Unified ¡Protein ¡Resource ¡ • hQp://www.uniprot.org/ ¡ ¡ • comprehensive, ¡high-­‑quality ¡and ¡freely ¡ accessible ¡resource ¡of ¡protein ¡sequence ¡and ¡ funcEonal ¡informaEon ¡ • hQp://youtu.be/ado1r8IDm3U ¡ ¡ ¡

InnateDB ¡ • hQp://www.innatedb.com/ ¡ • Publicly ¡available ¡database ¡of ¡the ¡genes, ¡ proteins, ¡experimentally-­‑verified ¡interacEons ¡ and ¡signaling ¡pathways ¡involved ¡in ¡the ¡innate ¡ immune ¡response ¡of ¡humans, ¡mice ¡and ¡ bovines ¡to ¡microbial ¡infecEon ¡

KEGG ¡ • hQp://www.genome.jp/kegg/ ¡ • KEGG ¡is ¡a ¡database ¡resource ¡for ¡ understanding ¡high-­‑level ¡funcEons ¡and ¡ uEliEes ¡of ¡the ¡biological ¡system, ¡such ¡as ¡the ¡ cell, ¡the ¡organism ¡and ¡the ¡ecosystem, ¡from ¡ molecular-­‑level ¡informaEon, ¡especially ¡large-­‑ scale ¡molecular ¡datasets ¡generated ¡by ¡ genome ¡sequencing ¡and ¡other ¡high-­‑ throughput ¡experimental ¡technologies ¡ ¡

KEGG ¡Pathway ¡ • hQp://www.genome.jp/kegg/pathway.html ¡ ¡ • KEGG ¡PATHWAY: ¡mapping ¡is ¡the ¡process ¡to ¡ map ¡molecular ¡datasets, ¡especially ¡large-­‑scale ¡ datasets ¡in ¡genomics, ¡transcriptomics, ¡ proteomics, ¡and ¡metabolomics, ¡ to ¡the ¡KEGG ¡ pathway ¡maps ¡for ¡biological ¡interpretaion ¡of ¡ higher-­‑level ¡systemic ¡func7ons ¡ • hQp://www.genome.jp/kegg/tool/ map_pathway1.html ¡ ¡

REACTOME ¡ • hQp://www.reactome.org/ ¡ • Reactome ¡is ¡a ¡free, ¡open-­‑source, ¡curated ¡and ¡ peer ¡reviewed ¡pathway ¡database ¡ • The ¡goal ¡is ¡to ¡provide ¡intuiEve ¡bioinformaEcs ¡ tools ¡for ¡the ¡visualizaEon, ¡interpretaEon ¡and ¡ analysis ¡of ¡pathway ¡knowledge ¡to ¡support ¡basic ¡ research, ¡genome ¡analysis, ¡modeling, ¡systems ¡ biology ¡and ¡educaEon ¡ • The ¡current ¡version ¡(v51) ¡of ¡Reactome ¡was ¡ released ¡on ¡December ¡8, ¡2014 ¡