Genomics infrastr Genomics infrastruc ucture f ure for NGS r NGS - PowerPoint PPT Presentation

Genomics infrastr Genomics infrastruc ucture f ure for NGS r NGS 2013 ¡Winter ¡School ¡ Mark ¡Crowe, ¡July ¡2013 ¡

Exper xpertise infrastr tise infrastruc ucture ure • What ¡is ¡your ¡experimental ¡goal? ¡ • Is ¡NGS ¡really ¡the ¡right ¡technology? ¡ • How ¡will ¡you ¡manage: ¡ – Data ¡collecFon? ¡Data ¡storage? ¡ Analysis? ¡StaFsFcs? ¡

When to ask a hen to ask adv dvic ice e BEFORE ¡ ¡ you ¡start ¡your ¡project ¡

Sequencing infrastr Sequencing infrastruc ucture ure agr agrf.o .org.au g.au www.ramaciot w.ramaciotti.uns ti.unsw.edu.au w.edu.au • ACRF ¡centres ¡ • Local ¡(department/insFtute) ¡services ¡

Bioinf Bioinformatics infrastr rmatics infrastruc ucture ure • ‘Support’ ¡rather ¡than ¡research ¡ – Accessible ¡to ¡biologists ¡ – Stable ¡and ¡documented ¡ • SoWware, ¡hardware ¡and ¡experFse ¡ BRA ustralia EMBL

The ch The challenges of allenges of Bioinf Bioinformatics suppo rmatics support t Outsource ¡ Cloud ¡ Exper1se ¡ Collabora1on ¡ In ¡house ¡ So5ware ¡ Cost ¡ Infrastructure ¡ Sta1s1cs ¡ Training ¡

Going i Going it alone t alone

• Networking ¡and ¡community ¡for ¡ bioinformaFcians ¡ • Yammer ¡channel ¡ • Conference ¡and ¡naFonal ¡bioinformaFcs ¡society ¡ • Web, ¡twiZer ¡ australianbioinformatics.net @ausbionet

• Training ¡ – 3 ¡day ¡NGS ¡analysis ¡workshops ¡ • Embedded ¡bioinformaFcians ¡ – Associated ¡with ¡BPA ¡infrastructure ¡ • Reference ¡datasets ¡ – Dedicated ¡bioinformaFcs ¡support ¡ www.bioplatforms.com.au

Genomics V Genomics Vir irtual Lab ual Lab www.genome.edu.au

Galaxy: simplifying bioinformatics

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GVL on t VL on the cloud he cloud • NeCTAR ¡research ¡cloud ¡– ¡a ¡free ¡resource ¡ for ¡Australian ¡researchers ¡ hZp://nectar.org.au ¡ • GVL ¡provides ¡Galaxy ¡and ¡CloudBioLinux ¡ NeCTAR ¡instances ¡

• The ¡NCI ¡NaFonal ¡Facility ¡supports ¡ Australian ¡research ¡through ¡the ¡use ¡of ¡ high-­‑end ¡computaFonal ¡resources ¡ • The ¡NCI ¡Specialised ¡Facility ¡in ¡ BioinformaFcs ¡offers ¡NCI ¡support ¡tailored ¡ for ¡the ¡life ¡science ¡community ¡ www.ncisf.org

NCI-SF infrastr NCI-SF infrastruc ucture ure • Computer ¡scienFsts, ¡bioinformaFcians, ¡and ¡ IT ¡professionals ¡ • High ¡Performance ¡CompuFng ¡ – 384 ¡compute ¡nodes ¡ – 3144 ¡CPU ¡cores ¡ – 11.5TB ¡RAM ¡ – 24 ¡Teraflops ¡of ¡performance ¡ – 280TB ¡shared ¡disk ¡ ¡ • 35TB ¡of ¡BioinformaFcs ¡ ¡ databanks ¡ • >150 ¡bioinformaFcs ¡tools ¡and ¡applicaFons ¡

Acc Access to NCI-SF ess to NCI-SF • Directly, ¡through ¡Partner ¡shares: ¡ – UQ ¡ – CSIRO ¡ – QCIF ¡(CQU, ¡GU, ¡JCU, ¡QUT, ¡UQ, ¡USQ, ¡USC) ¡ – QCMG ¡ – QFAB ¡ • Through ¡NaFonal ¡Merit ¡ApplicaFon ¡Scheme ¡ h=p://nf.nci.org.au/accounts/ ¡ ¡

BRA ustralia EMBL • BioinformaFcs ¡Resource ¡Australia ¡– ¡EMBL ¡ ¡ • Developed ¡out ¡of ¡the ¡EBI ¡mirror ¡project ¡ • Enable ¡opFmal ¡exploitaFon ¡of ¡the ¡tools ¡and ¡data ¡ of ¡bioinformaFcs ¡by ¡Australian ¡scienFsts ¡ • Contribute ¡to ¡the ¡global ¡biomolecular ¡informaFon ¡ infrastructure ¡in ¡a ¡way ¡which ¡showcases ¡ Australian ¡science ¡ braembl.org.au

BR BRAEMBL resourc AEMBL resources es • FTP ¡site ¡– ¡mirror ¡of ¡13TB ¡of ¡EBI ¡data ¡ • Local ¡ENSEMBL ¡browser ¡ • ProgrammaFc ¡access ¡to ¡data ¡and ¡tools ¡via ¡ Web ¡Services ¡technologies ¡ • Survey ¡on ¡bioinformaFcs ¡needs ¡

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Abou About QF t QFAB AB QFAB ¡delivers ¡bioinformaFcs ¡ services ¡to ¡analyse ¡and ¡ manage ¡large-­‑scale ¡datasets ¡ Our ¡support ¡includes ¡ experimental ¡design ¡and ¡data ¡ capture ¡through ¡to ¡NGS ¡and ¡ ‘omics ¡analyses. ¡ ¡ qfab.org @QFAB_Bioinfo

Organisation Or ganisation Senior ¡Management ¡Team ¡ J. ¡Barker ¡ D. ¡Gorse ¡ M. ¡Desselle ¡ S. ¡Rudd ¡ M. ¡Crowe ¡ ComputaFonal ¡Biology ¡ K. ¡Le ¡Cao ¡ X. ¡Chua ¡ R. ¡Legaie ¡ J. ¡Straube ¡ Data ¡Specialists ¡ J. ¡Parsons ¡ P. ¡Chaumeil ¡ A. ¡Kunert ¡ N. ¡Rhodes ¡ Research ¡ IT/GRID IT/GRID Bioinformatics/Statistics Research & Support ¡ Infrastructure Specialist Tools, Data & Skills Community Specialist Currently ¡recrui1ng ¡a ¡Computa1onal ¡Biologist ¡to ¡join ¡the ¡team ¡ ¡

Ot Other bioinf her bioinformatics prov rmatics provider ders s • Victorian ¡Life ¡Science ¡ComputaFonal ¡IniFaFve ¡ (VLSCI) ¡and ¡Life ¡Science ¡ComputaFon ¡Centre ¡ ¡ • Centre ¡for ¡ComparaFve ¡Genomics, ¡WA ¡ www.vlsci.org.au ccg.murdoch.edu.au

Use Useful links ful links • qf qfab.o ab.org • agr agrf.o .org.au g.au • www.ramaciot w.ramaciotti.uns ti.unsw.edu.au w.edu.au • australianbioinf australianbioinformatics.ne rmatics.net • biopl bioplat atforms.c rms.com.au om.au • genome.edu.au genome.edu.au • ncisf ncisf.o .org • braembl.o braembl.org.au g.au • vl vlsci.o sci.org.au g.au • ccg.mur ccg.murdoch.edu.au doch.edu.au • m.cro m.crowe@qf e@qfab.o ab.org • @QF QFAB_Bioinf AB_Bioinfo