2015 VisREU midterm presentation Mentors: Karan Sapra, - PowerPoint PPT Presentation

funded ¡by ¡NSF ¡ACI ¡Grant ¡No. ¡1359223 ¡ Amari ¡Lewis ¡ ¡ 2015 ¡VisREU ¡midterm ¡ presentation ¡ ¡ Mentors: ¡Karan ¡Sapra, ¡Dr. ¡Alex ¡Feltus, ¡Dr. ¡Melissa ¡Smith ¡ ¡ Visualization ¡mentor: ¡Dr. ¡Jill ¡Gemmill ¡

Project ¡overview ¡ “Visualization ¡and ¡interaction ¡of ¡multiple ¡layers ¡ of ¡high ¡dimensional ¡biological ¡data." ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ Maize ¡and ¡Rice ¡networks ¡ ¡ through ¡gene ¡interaction ¡graphs ¡ Big ¡data ¡ Sufficient ¡visualization ¡ valuable ¡information ¡ ¡ ¡

Retrieving ¡the ¡Gene ¡annotation ¡ ¡ Utilizing ¡Ensembl-­‑rest ¡Application ¡Programming ¡ Interface, ¡database ¡(version ¡4.2) ¡ the ¡Gene ¡Ontology ¡information ¡ Gene ¡ID: ¡ Description: ¡ ¡ Type ¡of ¡gene: ¡independent/dependent ¡ Parsing ¡(.json) ¡file ¡in ¡python ¡

Goals ¡ Biologists ¡can ¡gain ¡new ¡informational ¡about ¡genes ¡ ¡ Understanding ¡systems ¡genetics ¡ ¡ Vizualization ¡goal: ¡gPICTviz ¡ Create ¡an ¡interactive ¡Visualization ¡tool ¡for ¡biologists ¡ ¡ High ¡dimensional ¡ ¡ To ¡visualize ¡multiple ¡networks ¡(10-­‑100 ¡networks) ¡ ¡ Identify ¡correct ¡in-­‑species ¡gene ¡mixture ¡for ¡crop ¡improvement ¡ ¡ ¡natural ¡breeding ¡as ¡an ¡alternative ¡to ¡genetically ¡modified ¡ organisms. ¡ ¡

Timeline ¡ ¡ ¡ Using ¡QT ¡to ¡create ¡the ¡interactive ¡query ¡tool ¡ Interact ¡with ¡nodes ¡ User ¡can ¡send ¡and ¡receive ¡information ¡ Display ¡text ¡attribute ¡window ¡ Integrating ¡with ¡Kathleen’s ¡project ¡ ¡ Faster ¡results ¡ ¡ Visualize ¡multiple ¡networks ¡(10-­‑100 ¡networks) ¡ ¡ ¡

Thank ¡you ¡for ¡listening, ¡ any ¡questions? ¡